功能基因组学主要通过增益功能或失活功能的操作，在一个动态的生命系统里系统地确定每个基因的功能。这种方法是许多生物研究领域的关键工具，如筛查药物靶标，阐述耐药性，以及研究细胞过程、信号通路、调控网络、宿主-病原体相互作用等等。典型高通量筛选平台把基因敲除，RNA干扰与精密自动化，创新的生物学检测以及与高含量的数据采集和强大的生物统计分析有机地结合起来，并且在学术部门，制药工业和生物技术公司已成为常规应用。 此外，用汇集库进行筛选已开始得到推崇，正蓄势待发。这一方法涉及把成千上万独特的shRNA或sgRNAs混合在一起，包装成逆转录病毒或慢病毒颗粒，转导到靶细胞以选择所需的表型。这种方法不需要昂贵的高度自动化的液体处理设备，因此让更多研究小组能够使用。

为了支持功能基因组学分析，本所功能基因组学核心设施计划建立逆转录病毒或第三代慢病毒为载体的以下文库：

人类全基因组gRNA库

人类全基因组shRNA库

老鼠全基因组gRNA库

人胚胎脑组织基因逆转录病毒表达文库

我们计划建立以下分装于高通量筛选平台兼容的96孔，384孔平板里的质粒DNA或esiRNA文库：

人类全基因组microRNA表达克隆文库

人类可用药基因表达克隆文库

人类细胞凋亡，细胞自噬与癌基因表达克隆文库

致癌通路活性检测质粒

人类可用药基因组esiRNA文库

通过与高通量筛选实验室合作，功能基因组学核心设施为本研究所科研人员进行大规模基因功能分析提供了必要条件。